ドメインがペナルティを受けていると、危険なドメインということで、危険ドメインデータベースに登録されてしまいます。
こうなるとそのドメインのメールがデータベースにかかり受け取れなかったり、検索順位にも影響します。

また、サイトにマルウェアが仕込まれていたりしても同様に危険サイトデータベースというものがあり登録されます。

どちらのデータベースも世界中にいろいろな団体があり運営されています。
一度登録されると外してもらうには、サイトの内容やドメイン、サーバのセキュリティ調査と改善をしてから申請をします。かなり時間がかかります。

簡単に調べるサイト
http://www.aguse.jp/
日本のアグスネット株式会社が運営

http://www.urlvoid.com/
イタリアのNoVirusThanks Company Srlが運営

当社でもマルウェアスキャンを自動で毎日行う有料サービス
http://www.securemark.jp/
セキュアマークを運営